وفي فناء المتحف الداخلي صفت المدافع التي أمكن للمتحف الحصول عليها من عصر محمد علي، وهي مجموعة ثمينة تبين تقدم فن القتال الحربي في ذلك الوقت وأكثرها
صنع في مصر ومازالت السريعة الطلقات وهي محجوبة من أعين الطائرات حتى الآن في حالة جيدة يسهل معها استعمالها. ويوجد في أنحاء القطر المصري كثير من هذه المدافع وخصوصاً في الإسكندرية في القلاع القديمة، ولكن نقلها وتنظيفها يحتاج إلى زمن طويل ونفقات كثيرة ولهذا ينقلها المتحف شيئاً فشيئاً
ويعتمد المتحف في تنظيمه وتوفير معروضاته على الهدايا التي يقدمها الناس أياً كانت جنسياتهم ومهنهم وعلى المنشآت التي يصنعها عماله، ولكن ضخامة العمل وقلة الأيدي العاملة تقف حجر عثرة في سبيل افتتاح المتحف للجمهور. فرغم النشاط المبذول ورغم كثرة المعروضات لا نستطيع أن نقول إن ما تم إنشاؤه يمثل خمسين قرناً من الزمان، فمثل هذه المشروعات الضخمة تحتاج إلى عشرات السنين لتظهر أمام الجمهور في ثوب لائق
