لما نشر تقرير الأستاذ أحمد أمين بك عن أطروحة الفن القصصي في القرآن حاول صاحبها أن يتنصل مما نقل فيه، كما أن الأستاذ الخولي المشرف على الرسالة والذي صرح بتأييده لصاحبها في كل ما قاله، طعن في تقريري الأستاذين أحمد أمين والشايب وقال أن ما نقلاه عن الأطروحة ليس فيها. وقد ألفت الجامعة لجنة للتحقيق في ذلك من الأساتذة الشيخ عبد الوهاب خلاف والدكتور زكي حسن والدكتور الشرقاوي، وقدمت تقريراً جاء فيه:
اتفق الأستاذان أحمد أمين بك وأحمد الشايب في القول بأن أساس هذه الرسالة أن القصص في القرآن عمل فني خاضع لما يخضع له الفن من خلق وابتكار من غير التزام لصدق التاريخ والواقع.
واللجنة تقرر أن هذا صريح وواضح في جملة مواضع من الرسالة، وقد أيده الكاتب بما استشهد به من الأمثلة؛ ففي ص٢٦ سطر ١٠ قرر أن القرآن (أنطق اليهود بما لم ينطقوا به) وذلك في قوله تعالى في سورة النساء (وقولهم إنا قتلنا المسيح الخ) وفي ص٢٦ قرر كاتب الرسالة عن قوله تعالى في سورة المائدة (وإذ قال الله يا عيسى بن مريم الخ) . (إن هذا القول وهذا الحوار تصوير لموقف لم يحدث بعد، بل لعله لن يحدث) وفي ص٨٩ قرر الكاتب (إن قصة موسى في الكهف لم تعتمد على أصل من واقع الحياة) .
وتقرر اللجنة أن هذا مخالفة ظاهرة لقول الله تعالى (نحن نقص عليك نبأهم بالحق) ولقوله سبحانه (لقد كان في قصصهم عبرة لأولى الألباب ما كان حديثاً يفترى
